Sam, który zanim spadły bomby służył jako żołnierz piechoty morskiej w ambasadzie USA w Moskwie, od dawna marzył o powrocie do ojczyzny i odnalezieniu swojej rodziny, o ile ta wciąż żyje. Pragnienie to wydawało się nieziszczalne w mrocznych tunelach Metra, jednak gdy Spartanie odkryli, że Moskwa nie jest jedynym miastem, którego mieszkańcy przetrwali wojnę, jego fantazje przestały się wydawać naiwne.

Sam opuszcza Aurorę w poszukiwaniu drogi do USA i dociera do pozostałości Władywostoku: zniszczonego przez tsunami portu, ruin budynków przemysłowych i rozpadających się dzielnic mieszkaniowych. Aby ukończyć podróż, będzie musiał wykorzystać wszystkie znane mu rozwiązania taktyczne, ponieważ okaże się, że nowe środowisko jest znacznie groźniejsze, niż się spodziewał.

Gracze poprowadzą Sama przez przepastne, ekstremalnie niebezpieczne okolice Władywostoku, wyruszając w nową podróż przez pustkowia postapokaliptycznej Rosji.