La storia si svolge tre anni dopo gli eventi del gioco precedente, “Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout”. Tra nuovi incontri e addii, Ryza e suoi amici, di nuovo riuniti, scopriranno un tesoro inestimabile.

《La storia》
Sono passati tre anni dalla grande avventura segreta di Ryza su Kurken Island. Ryza, unico membro del gruppo rimasto sull'isola, riceve una lettera da un'amica riguardante i possibili effetti rovinosi derivanti dall'alchimia oltre a una misteriosa richiesta circa una pietra lucente. Il contenuto della lettera esorta Ryza a intraprendere un viaggio nella capitale del regno, Ashra-am Baird. Ryza, tuttavia, non sa ancora che questo sarà l'inizio di una nuova fantastica avventura che implica la risoluzione del mistero delle rovine che circondano la capitale del regno e l'incontro con una strana creatura che cambierà il corso della sua vita.

《Caratteristiche principali》
■ Esplorazione con nuove azioni sul campo!
Ryza è ora in grado di effettuare nuove azioni sul campo come tuffarsi sott'acqua, utilizzare piante per arrampicarsi sui muri, muoversi attraverso spazi ristretti e utilizzare corde magiche per spostarsi tra aree diverse. Queste e altre abilità consentono a Ryza di esplorare aree e rovine diverse in modo più attivo e approfondito.
■ Più battaglie piene d'azione e in tempo reale!
Affronta i nemici utilizzando un sistema di battaglia potenziato basato sulla "tattica in tempo reale"più veloce ed elettrizzante che mai! Passa rapidamente da un personaggio all'altro, seleziona le diverse skill e utilizza gli oggetti al momento giusto per conseguire risultati ottimali.
■ Sintesi diretta e di facile utilizzo!
Utilizza una nuova gamma di sistemi di sintesi fra cui il nuovo sistema "Linkage Synthesis" nel quale gli oggetti sono collocati in celle denominate "Material Loops", progettate per consentire ai nuovi giocatori di apprendere con facilità la sintesi e ai giocatori più esperti di creare eccezionali oggetti personalizzati. È inoltre possibile mischiare tra loro gli oggetti creati e abbinarli all'"Evolution Link" per realizzare oggetti completamente nuovi.