Tutto ebbe inizio quando la Hyperion Corporation decise che ne aveva abbastanza degli avidi mercanteggiatori e cacciatori di tesori su Pandora. Vendevano, vendevano, vendevano e non acquistavano quasi mai le munizioni di alta qualità che prima possedevano. Questo poteva essere accettabile quando c'era il Vault da ricercare e i Guardiani Eridiani tenevano libere le strade, ma ora i cacciatori risultavano essere solo un salasso per l'economia e le risorse locali. Hyperion, come la maggior parte delle società, non era né buona né cattiva. Era tutta incentrata sul profitto, e ora l'azione più redditizia consisteva nel fermare tutto il dispendio. Ovviamente, Hyperion aveva già pronto un piano di emergenza.
Sfortunatamente, i cacciatori di tesori risultavano essere ossi duri. Avevano strappato le vite di migliaia di animali, banditi e soldati di corporazione su Pandora. La via diretta non avrebbe funzionato. Così hanno deciso di attivare il Ninja Assassino Interplanetario top secret, Claptrap!
Il piano prevedeva che il Ninja Assassino eliminasse i cacciatori di tesori nei modi più sottili: pugnalate alle spalle, avvelenamento, diffusione di false voci, ecc. Tuttavia, il Ninja Assassino era più intelligente di quanto tutti potessero immaginare. Era consapevole di sé e non gli piaceva quello che vedeva -- Claptrap ovunque, che venivano usati per esercitarsi al bersaglio o come schiavi di servitù aziendale.
Così, invece di affrontare i cacciatori di tesori, il killer decise di affrontare Hyperion. Radunò i Claptrap intorno alla sua causa, e questi invasero la maggior parte del territorio della Corporazione di Hyperion. Certo, i nostri eroi finirono immischiati. Alla fine vengono ingaggiati da Blake (VP delle Relazioni dei Mercenari e del Turismo per la Corporazione di Hyperion) per sedare la rivoluzione. Mentre i cacciatori di tesori non avevano perso l'amore per Hyperion Corporation, i Claptrap stavano assimilando tutta la vita su Pandora, convertendo tutti in Claptrap a loro volta. Alla fine, la missione è quella di fermare il Ninja Assassino Interplanetario Claptrap per liberare tutti i Claptrap di Pandora dal suo controllo e per raccogliere la dovuta ricompensa, ovviamente.
Nuove Caratteristiche:

• Combatti contro ondate di Claptrap un tempo amichevoli e ora assassini (a distanza, in mischia e a kamikaze).
• Incontra creature Claptrap-ificate, tra cui granchi-trap, rakk-trap, skag-trap e una varietà di banditi-trap.
• Combatti contro i soldati altamente addestrati e ben armati della Battle Hyperion Corporation.
• Boss a bizzeffe: 11 battaglie con boss tra cui 5 nuovi boss e 3 nemici del passato.
• Raccogli oggetti nuovi come: occhiali 3D, barattoli di olio e mutandine rosa per ottenere risultati/trofei.

Numero di Missioni/Aree:

• 7 nuove missioni principali
• 14 nuove missioni secondarie
• Combatti la battaglia del boss finale in una zona molto familiare del tuo passato. Il gioco ritorna al punto di partenza e trasmette al giocatore un senso di chiusura del cerchio.
• Ci sono 6 slot per lo zaino (*3* per gioco).
• Guadagna 2 punti abilità in più (1 per gioco)

Le opzioni multigiocatore potrebbero subire variazioni, per maggiori informazioni consultare il titolo principale